崎の地名は、秩父からつづく台地の尾崎の意で、のちに大崎となったといわれています。むかしこの地域一帯は入海にのぞみ、汐見崎、月岬、袖ヶ崎、千代ヶ崎、長南ヶ崎、鎗ヶ崎とならぶ七崎の一つであったと伝えられていますが、『小田原北条家領役帳』にはその名を見ることができません。江戸時代も正保（1644〜7）の頃になって、はじめて大崎村の名がみえ、元禄時代（1688〜703）になって上下に分かれました。
　徳蔵寺が開創された頃から急速に開懇がすすんだのでしょう。しかし、目黒川に面した両斜面には古くから人びとの生活が営まれ、集落が構成されていました。『新編武蔵風土記稿』によると「−江戸日本橋ヨリ二里開懇ノ年代ヲ伝エズ、正保ノ頃マデモ大崎村トノミ古図ニ見エタリ、元禄ノ改ニハ既ニ上下ニ分テリ−」と記され、家数はわずか21戸であったといいます。 　

和7年（1621）、徳蔵寺が本末関係を結んだ麹町城琳寺は、日吉山王権現社（現在の日枝神社）の別当寺で、多数の末寺を有していましたが、明治元年（1868）に廃寺となりました。そののち、徳蔵寺は長谷寺西蔵院（港区）の末寺となり、明治43年（1910）、比叡山延暦寺の直末寺となり今日に至っています。 　

つて、徳蔵寺周辺には古松が多く、いくつかの伝説が残されています。徳蔵寺の西方に隣接していた柳生家の屋敷地には「天狗の宿り松」とよばれる老松があったといわれています。 この木がまだ若木であった頃、三本のうち一本が切られ、残る二本も伐られようとしたとき、樵がちょとした不注意から大変な怪我をしてしまいました。ところが不思議なことに、このことがその日のうちに大和（奈良）の殿さまに伝わり、しかも、その日のうちに「伐ってはならぬ」という殿さまのお達しが届いたといいます。
　電話も電報もなかった時代のことですから、その伝達の早さにびっくりした人びとは、これはただごとではない、おそらく天狗の仕業にちがいないと、この松を「天狗の宿り松」とよぶようになった・・・といいます。　明治以降、この松の植えられた地が、徳蔵寺の境内地となったという説もありますが、真偽のほどはわかりません。明治10年（1877）の『寺院明細簿』には、古松が　存在したと記してあります。

戸時代、徳蔵寺が別当を兼ねていた「重箱稲荷」は、延宝（1673〜80）の古図によると白金の西南にあたる六軒茶屋町（現大崎2丁目の内）の光雲寺（浄土宗）の西に位置しています。「稲荷社　境内88坪総べて除地なり、神体は十一面観世音にして木製立像長八寸、社殿は間口一間奥行九尺−」−『地誌御調書上帳』− 　 　

化年間（1804〜17）に編纂された『〜武蔵風土記稿』によると、徳蔵寺には観音堂があり、恵心僧都の作と伝えられる観音像が安置されていたことがわかります。
　恵心僧都（源信）は平安中期の天台宗の僧で、良源（元三大師）に仕えて天台の教義を究め、のちに横川（比叡山の三塔の一つで根本中堂北）に屏居して、著述に専念しました。浄土教の基礎を築いた高僧として広く知られています。「−観音堂 門ヲ入テ右ニアリ三間ニ二間 観音ノ立像三尺 恵心ノ作ナリト云伝フ−」−『新編武蔵風土記稿』−
　明治10年の『寺院明細簿』には、観音堂、観音像の記述は見えず、嘉永3年（1850）に類焼によって堂宇が烏有と帰したおり、観音堂も焼失し、再び建立されなかったのでしょう。 　

永3年の災禍ののち、4〜5年ほど徳蔵寺が無住となっていたことが『南方地子古跡寺社帳』に記されています。
　堂宇もなく、文字通り何も無くなった当寺に入山して堂宇を再建し、寺運興隆に尽力したのが当寺中興の祖と称される円全大和尚です。

政3年（1856）、円全大和尚によって建立された本堂は、梁間三間、桁行六間、七尺に二間の向拝のある寄棟造りで、現在地より下方の高速道路のことろにありましたが、放射二号線建設のため、昭和40年に取り壊されました。

治9年（1876）、荒廃の極にあった徳蔵寺に入山した元海大和尚は、寺門隆昌への的確な礎を築きあげた傑僧です。
　先々住芳頴大和尚はその書の中で「今日の寺門維持上、其の功績は大いに評価されなければならない」と記しています。
　元海大和尚は、明治26年8月11日57歳で示寂し、のち真光大和尚、玄竜大和尚、真隆大和尚、芳頴大和尚、頴宣大和尚、隆宣大和尚（現本堂建立）、　邦宣（現住）と法灯がうけつがれています。